Việt Nam có mạng lưới sông ngòi dày đặc, trong đó có 13 hệ thống sông lớn có diện tích trên 10.000 km2, với tài nguyên nước mặt chiếm khoảng 2% tổng lượng dòng chảy của các sông trên thế giới. Tuy vậy, nước mặt ở nước ta đang phải đối diện với nhiều thách thức, trong đó đáng quan tâm nhất là tình trạng suy kiệt và ô nhiễm trên diện rộng.
Theo khuyến cáo của các tổ chức quốc tế về tài nguyên nước, ngưỡng khai thác được phép giới hạn trong phạm vi 30% lượng dòng chảy. Nhưng trên thực tế hiện nay, hầu hết các tỉnh Miền Trung và Tây Nguyên đã và đang khai thác trên 50% lượng dòng chảy. Riêng tỉnh Ninh Thuận đã khai thác tới 80% lượng dòng chảy trên địa bàn. Việc khai thác nguồn nước quá mức đã làm suy thoái nghiêm trọng về số lượng và chất lượng tài nguyên nước, trên các lưu vực sông lớn như sông Hồng, Thái Bình và sông Đồng Nai.
Do tác động của biến đổi khí hậu ngày càng gia tăng, ở nước ta mùa mưa và lưu lượng nước có xu hướng diễn biến thất thường, nên hạn hán hoặc ủng ngập cục bộ xảy ra thường xuyên và trên diện rộng hơn trước. Rõ rệt nhất là vài năm gần đây, mùa mưa thường kết thúc sớm và đến muộn hơn gây nên hạn hán tại nhiều vùng trong cả nước. Trong đó việc cạn kiệt nguồn nước biểu hiện rõ nhất trong năm nay là tại khu vực Miền Trung, Tây Nguyên và Nam Bộ.
Bên cạnh đó, tình trạng nhiều khu công nghiệp, nhà máy, khu đô thị xả nước thải chưa qua xử lý xuống hệ thống sông hồ đã và đang gây ô nhiễm nguồn nước mặt trên diện rộng, dẫn đến nhiều vùng có nước nhưng không sử dụng được. Đặc biệt nước thải từ hoạt động của các cơ sở sản xuất công nghiệp và khu công nghiệp, đang là nguồn gây áp lực lớn nhất đến môi trường nước mặt lục địa.
Nông nghiệp là ngành sử dụng nhiều nước nhất, nên lưu lượng nước thải từ ngành này chiếm tỷ trọng lớn hàng đầu. Do việc sử dụng hóa chất bảo vệ thực vật và phân bón bất hợp lý, nên trung bình 20-30% lượng thuốc và phân bón sử dụng trong nông nghiệp không được cây trồng hấp thụ sẽ theo nước mưa và nước tưới chảy vào nguồn nước mặt, tích lũy trong đất. Không những gây ô nhiễm nguồn nước mặt, mà còn thấm vào nguồn nước ngầm và gây ô nhiễm đất.
Mặt khác, phần lớn các đô thị hiện nay đều chưa có hệ thống xử lý nước thải sinh hoạt, nên tỷ lệ nước thải đã qua xử lý đạt tỷ lệ rất thấp. Cộng thêm nước thải sinh hoạt trong các khu dân cư, các khu du lịch và nước thải của các cơ sở tiểu thủ công nghiệp xả thẳng vào sông hồ, là những nguyên nhân chính đã và đang làm gia tăng ô nhiễm hệ thống các thủy vực nội đô và ven đô ở nước ta.